今から３０００万年前。超古代都市ルルイエで、翼を生やした巨人と触手を無数に生やす異形が戦っていた。前者の名をウルトラマンノア。後者の名を邪神ガタノゾーア。光と闇の戦いは壮絶を極めた。しかし、『ウルトラマンX』や『ウルトラマンティガ』、『ウルトラマンダイナ』等全世界から集結したウルトラマンとそれを支える錬金術士や陰陽師、魔法使い等の協力でガタノゾーア、ダークザキ達『深淵の闇』は封じられた。そしてウルトラ戦士達は古代人に宿り『魔王獣』を封印し続けた。そして３０００万年後。『女尊』がisにより生まれた世界。織班一夏はウルトラマンノアが宿りし一族『バジェン一族』の末裔。そして３０００万年の時を経て、怪獣が現れる。『S-GATU』も歯が立たない。その時、超古代の守護神『ウルトラマンティガ』、伝説の英雄『ウルトラマンダイナ』、調和を保ちし神『ウルトラマンノア』が現れる！