西暦1954年、核実験によって最初の怪獣『ゴジラ』が目を覚ます。芹沢大助が開発した『オキシジェン・デストロイヤー』によりゴジラは倒されるが度重なる核実験や発達しすぎた科学は地球の環境を歪め、新たなゴジラや多くの怪獣を呼び覚まし、人類は怪獣の脅威と戦う時代へと突入した。

人類最大の敵でもあり、最後の怪獣ともなったゴジラは50年間も人類を苦しめたが南極で人類の全戦力と人類に味方するインファント島の守護神『モスラ』と交戦した後、ブラックホール兵器『ディメンション・タイド』で地球上から消滅。ここに人類と怪獣による長い戦いも終わりを告げた。

だが、長い戦いが終わった後もインファント島の守護神の戦いは未だ終わってはいなかった。南極でのゴジラ消滅作戦から15年後、一人の少年が異世界へと召還された頃に未だ卵から孵らないインファント島の守護神と守護神に仕える巫女である三姉妹も異世界へと召喚されるーーーー。

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